以池塘养鱼为例，先要进行水质净化，在放养前1天，用100倍的EM菌液稀释液泼洒水面，以后每15天泼洒一次，具体视水质情况调整泼洒次数，下雨时泼洒效果，每亩用EM菌液1公斤。可用200倍EM菌液稀释液进行鱼饲料处理，如喷洒在颗粒饲料上，以喷湿为度，即喷即用。 使用注意事项如下：EM菌液为酸味略带醇甜香的褐色半透明液体，必须注意初开瓶时有气味，若容器底部稍混浊及上部浮有少量白色物质均属正常。用后应立即盖紧瓶盖，保持密封。 EM菌液应存放在避光凉爽的地方，适宜温度为5℃~45℃，超出这个温度，有些菌种的活力会受影响，应适当增加用量。
