2020年度国家级和省级一流本科专业建设点名单，南京农业大学生物技术、农业电气化、食品质量与安全、水产养殖学、草业科学、会计学、农村区域发展、行政管理等8个专业获批国家级一流本科专业建设点，国际经济与贸易、应用化学、人文地理与城乡规划、生态学、风景园林、动物药学、信息管理与信息系统等7个专业获批省级一流本科专业建设点。
截至目前，南京农业大学共有国家级一流专业建设点22个，省级一流本科专业建设点8个，占全校本科专业数量的47%。
学校将认真实施好“金专工程”，对2019年和2020年入选的专业建设点在课程建设、实践教学、教学方法、师生发展等方面持续加大建设力度，推动各建设点强化专业特色，持续提升专业内涵和建设水平，在专业改革创新、师资队伍、教学资源、质量保障体系等各方面发挥示范辐射作用，不断提高南京农业大学人才培养能力。
南京农业大学一流学科有作物学、农业资源与环境等二个学科。
根据教育部、财政部、国家发改委3部委2017年9月20日最终确定的南京农业大学一流学科名单可以知道：
南京农业大学有作物学、农业资源与环境等2个学科入选了世界一流学科名单。
