一般采用专门针对水产养殖的二氧化氯消毒剂。
在选择消毒剂时，主要考虑选择对病原体的杀灭力强，对鱼虾毒性小无损害，消毒物体易溶于水
除藻的话，选择过硫酸氢钾片
水产养殖可以使用臭氧杀进行水处理。
臭氧水处理每升水含臭氧浓度不低于0.2mg即0.1ppm，就达到杀菌消毒分解污染物的作用。但是要小心在水产养殖水的杀菌处理时，因臭氧水浓度过高及过滤、曝气不够， 使强氧化剂致养殖对象死亡的事故发生。臭氧在净化过程中还有一个特点，不会改变海水的原有成分，能保持水中所含的对幼苗有益的矿物元素。如果将臭氧混合进温度达20～30℃的水中其还原反应更迅速，效果更理想。
在育苗池水中泵入空气增氧时，每天定期加充臭氧，追踪净化水质，消除因投放饲料带入细菌病毒及其它污染物。增氧时追加臭氧净化效果直观，池中的水清澈见底，不发臭，没有过多的藻类。
采用臭氧对场内空气的杀菌，消毒除异味，让泵入池水中的空气保持卫生状态。
三步结合，实施立体化的杀菌消毒净化的措施，有效地遏制幼苗病害的发生。在水产养殖中臭氧的作用不是单纯用来杀菌，更大的作用是抑制藻类的繁殖和增加水中的溶解氧。可降低新水率，减少因换新水而带进的污染。可减少用药量，减少因用药物而产生的二次污染，可降低死亡率
