常用保藏菌种的方法有以下几种：
（1）斜面低温保藏法这是最简单最普通的保藏方法。首先将菌种在适宜的斜面培养基（一般PDA）上培养成熟后，选择菌丝生长粗壮，边缘保存。一般保存温度4～6℃，除草菇和银耳菌种外（10～15℃），此方法对其他食用菌都适宜，一般菌种可保藏2～4个月，所以需定时移接。此法保藏虽然方便，但是保藏时间短，需经常转管，也很容易发生衰退变异现象。因此，不能用作长期保藏，最好与其他方法结合起来保藏。
另外，为了减少保藏期间培养基水分蒸发，琼脂最好加到2.5%。为防止菌种在保藏过程中产酸分的积累，应加入0.2%的磷酸氢二钾、磷酸二氢钾等缓冲盐类，同时，培养成熟后，最好将棉塞管口外剪平，并用矿蜡封或换以无菌木塞，这样做也可以减少培养基水分的散失，延长保存时间。
在农村如果没有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌种换上无菌橡皮塞，并用矿烛蜡封后密闭的广口瓶中，悬入井底保藏。
（2）贮藏室保藏法原种和栽培种一般只在贮藏室短期保藏，贮藏室温度0～10℃为好。室内应清洁、干燥、无光，应经常检查温度和湿度，以降低其生活力，减少变异退化，防止杂菌污染，避免过早出菇。温度越高，保存的时间越短。
可以在固体斜面培养基上菌落长成后，放入冰箱低温保藏；或者用液体石蜡覆盖保藏法；还可以将微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分（真空干燥）。
