1、分离培养
这是通过将蘑菇菌种进行母种分离来实现的步培养步骤，一般来说，有孢子分离法、组织分离法以及基内菌丝分离等方式，根据蘑菇的特性，我们一般采用多孢分离法：就是把许多孢子接种在同一培养基上，让它们共同培育交配，然后获得优质的食用菌。
2、接种培养
我们在上面的分离培养中已经获得了优质的母种，但是为了选出优良且高纯度的母种，使之成为可利用的原种，我们还需要培养基，所以一般来说，要通过菌体的接种培养，发现一些生活力强，颜色醇正，健壮有力的蘑菇菌丝用来进行原种和栽培种的接种培养。
3、培养液体种
除了质量以外，培育蘑菇菌种以及菌丝的时候也要注意产量，所以这里采用液体种深层发酵得到菌种的方式可以将产量化，缩短整个培育生产的周期，有效地降低成本。当然因为现阶段的技术尚不成熟，所以这还是实现可食菌种的一种理想目标，未来随着科技的发展，相信液体种的作用会得到更大的发挥和发现。
蘑菇菌种培养的办法是首先要准备菇房,菇房大棚要选用散射光材质,地面需要用水泥修葺。随后将粪便晒干,用水或尿浸透,按照一层草料一层粪便堆置发酵。采用穴播的方式接种,每株的间隔在10cm左右。培育期间保持养料的湿度在70%左右,浇水要遵循少量勤浇的原则。
