第三代杂交水稻是利用普通隐性核雄性不育系为母本，以常规品种、品系为父本配制而成的新型杂交水稻。
第三代杂交水稻最重要的一个特性就是缩短生长期的同时又保持了较高的产量，不仅兼有三系不育系育性稳定和两系不育系配组自由的优点，同时还克服了三系不育系配组受限，两系不育系可能因天气原因导致制种失败和繁殖产量低的缺点，在任何地区任何时候都是稳定不育的，且制种和繁殖都非常简便。
第三代杂交水稻技术是目前最理想的杂种优势利用方式，对杂交水稻的研究与开发具有新的里程碑意义，它的应用将使水稻杂种优势利用更加普及，不仅对保障我国粮食安全具有重大战略意义，还将为全球水稻种植带来巨大改变。
此前，我国杂交水稻采用的主要育种技术，均由袁隆平及其团队研发。第一代中国杂交水稻是以细胞质雄性不育系为遗传工具的三系法杂交稻，目前推广面积约1亿亩，但选育到优良组合的难度较大。第二代则是以光温敏核不育系为遗传工具的两系法杂交稻，育性受气温高低决定，若遇异常天气易出现制种和繁殖失败。
杂交水稻运用连锁遗传主要是变异原理，具体的变异为基因重组。其实变异是离不开遗传的，杂交水稻的原理是基因重组，而基因重组属于变异类型。变异分为可遗传变异和不可遗传变异，可遗传变异又包括基因突变、基因重组和染色体变异三种类型。
所以杂交水稻运用了变异的原理。袁隆平院士在研究杂交水稻时运用的是杂交的方法。
杂交的目的就是让优势的基因和在一起，然后遗传给后代。让后代变成优势的种。
我们就是根据这些方法一步步培育出品质好的水稻的。
