据史书记载，朱棣起兵时率八百将士，偷袭北平后收编了大宁的全部军队（包括其骑兵精锐朵颜三卫），兵力增至数万，在与李景隆五十万大军对弈之时，已有近二十万人。金川门之变后，靖难之役结束。

洪武三十一年十二月，为了提防燕王谋反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后又命都督宋忠屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队。燕王朱棣见到几位亲王先后被削藩，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。

建文元年，朱棣装疯。但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。朱棣装疯被发觉。于是朱棣和姚广孝等进行举兵的谋划，令张玉、朱能将八百勇士带入府中潜伏，以待变故。张昺、谢贵得到朱允炆密诏后，七月初四带兵包围了燕王府。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城。

燕军控制北平后，建文元年（1399年）七月初六，通州主动归附；七月初八，攻破蓟州，遵化、密云归附；七月十一，攻破居庸关；七月十六，攻破怀来，擒杀宋忠等；七月十八，永平府（今河北卢龙县，属秦皇岛市）归附。七月二十七，为防止大宁军队从松亭关偷袭北平，用反间计使松亭关内讧，守将卜万下狱。至此，北平周围全部扫清。燕军兵力增至数万。

建文元年（1399年）七月，朱棣反书至南京，朱允炆祭告太庙，削朱棣宗室属籍，废为庶人。决定起兵讨燕。朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。

朱棣采取内线作战，以部将郭资戍守北平（今北京），迅速即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。

朱允炆起用年近古稀的幸存老将长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率军13万伐燕，数路并进，号称百万大军，同时传檄山东、河南、山西三省供给军饷。

耿炳文率军在八月十三日到达真定，并分兵于河间、鄚州（河北任丘北约30里）、雄县，为犄角之势。在经过观察后，八月十五日，燕军趁中秋夜敌军不备，偷袭雄县；成功后又利用伏击击败了鄚州的援兵，遂攻克鄚州，收编剩余的部队。

耿炳文部将张保来降，告知朱棣耿炳文的部队分驻滹沱河两岸，于是朱棣让他回去告诉耿炳文“雄县、鄚州大败，燕兵将至”，以打击其士气，并使耿炳文合兵一处，便于一举击溃。八月二十四日，燕军到达无极县。从樵夫和南军被俘士兵处得知敌情，于是燕军发动决战。

建文二年（公元1400年）四月，双方战于白沟河。在鏖战之际，突然刮起一阵旋风，吹折李景隆的大将旗。燕军乘风纵火，官军大乱，奔声如雷，李景隆狼狈逃窜。九月，朝廷再次换将，命盛庸代替李景隆。次年三月，燕军与盛庸战于夹河，燕将谭渊战死，燕军不利。

次日，朱棣整众再战，双方从早上打到中午仍不分胜负。正在双方难分难解之际，又刮起一阵东北风，两军咫尺不相见，燕军乘风大呼进击，盛庸军大败，退保真定。

过了几天，两军又在藁城（今河北石家庄东部）相遇，官军列方阵于西南，燕军从四面攻击，朱棣率精锐攻其东北隅，“会大风起，发屋拔树，燕军乘之”，官军大溃，朱棣乘胜追击，斩首六万余级。

燕军在白沟河、夹河和藁城三场大战中皆得风助，后来，朱棣改变以往只顾攻城略地的战略，挥师南下，疾趋京师，于建文四年（公元1402年）六月攻南京，守卫金川门（位于南京城西北面）的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降，是为金川门之变。燕军攻入金陵，江山易主。靖难之役结束。

总体来说,朱棣兵力最盛之时,总人数也就三十万人