功能性水产饲料是指为了提高饲料品质或增加饲料用途而生产的具有某种特定功能的水产饲料，功能性水产饲料中添加了增强动物机体免疫能力、调节机体生理节律、预防疾病发生、促进机体康复的功能性成分。功能性饲料应用在功能性水产饲料中可以改善养殖动物的生产性能或健康水平，提高饲料吸收率， 降低水产养殖的自身污染，改善养殖水体质量，最后达到保证养殖动物快速、健康生长的要求， 提高经济效益、社会效益和环境效益。
通常根据功能性饲料的功能上的差异，将它们分为药物饲料和保健饲料。其中药物饲料又可以分为预防性药物饲料和治疗性药物饲料，它们是通过在饲料中添加防病治病的药物制成，主要用于预防和治疗水产动物疾病，平时较少使用，只有在疾病流行季节才根据病情来合理使用。保健饲料则是通过在饲料中添加一些功能性的添加剂制成，它们主要是用于动物平时的保健和一些机能的调节，通常不具备治疗疾病的功能，不能代替药物使用。
普通饲料则不具备这些功能。
