可以选用二氧化氯或碘制剂消毒，对鱼类温和安全刺激小。

含氯消毒剂一直以来都占据着水产养殖消毒剂的重要位置，从漂白粉到三氯异氰尿酸、溴氯海因都是以“氯”来打天下。这类消毒剂的杀菌机理是与水发生反应生成小分子的次氯酸，次氯酸扩散到细菌表面，并穿透细胞膜直接氧化菌体蛋白，从而消灭病原微生物。该类消毒剂的优点是可杀灭各种微生物，包括细菌繁殖体、病毒、真菌、结核杆菌和抗力较强的芽孢；缺点是无机氯性质不稳定，易受光、热和潮湿的影响，易丧失其有效成分。有机氯虽相对稳定，但溶于水之后也不稳定。研究表明，该类消毒剂的杀灭微生物作用明显受水体环境因子的影响，一般随着温度的升高，其作用加强，随着pH值的升高，其作用减弱，当水体中有机物过多时，其消毒效果有明显下降，而且该类消毒剂对水产动物的刺激性也较大。

含溴消毒剂和含氯消毒剂其杀菌机理和特点基本一致，都属于卤素类的，都是通过氧化使细菌蛋白变性来达到消灭病原微生物的目的。在此就不作详细说明了。

二氧化氯作为第四代水产消毒剂，被联合国卫生组织确认为AI级安全消毒剂。其不仅能大幅度减少水中致病微生物的数量，而且不损害浮游生物，对水体有消毒和增氧作用，对鱼类出血性败血病、烂鳃病、赤皮病、肠炎病、水霉病等以及对虾的弧菌病、病毒病等均有显著疗效。过硫酸氢钾复合盐作为第五代消毒剂，真正达到了高效、安全、无残留，但因其目前使用成本偏高，多用于虾蟹及一些名优水产品养殖上。

醛类消毒剂在水产养殖上常用的有甲醛、戊二醛和复方戊二醛。其杀菌灭毒机理是通过一种活泼的烷化剂作用于微生物蛋白质中的氨基、羧基、羟基和巯基，从而破坏蛋白质分子，使微生物死亡。该类消毒剂可杀灭一切微生物，但是对水产动物刺激性和环境影响都较大，现多用于对鱼类水霉病的防治

含碘消毒剂在水产养殖上的应用已越来越普遍。如常用的PVP-I和双链季铵盐。其杀菌灭毒机理是卤化微生物蛋白质使其死亡。可杀灭细菌繁殖体、真菌和部分病毒，且相比上面两类消毒剂其对水产动物的刺激性小、安全性高。