可以用物理方法，化学方法和生物方法。
物理方法-施用水质改良剂。主要是沸石粉，吸附水中的有害物质（氨态氮、硫化氢，亚硝酸盐等）
化学方法-施用化学水质改良剂，主要是强氧化剂，如过硫酸氢钾，氧化分解水中的有害物质
生物方法-施用微生态水质改良剂，主要是em菌，芽孢菌，光合菌，吸收转化水中的有害物质。
另外一定数量的水生植物也有强大的净化水质作用
水产养殖常用消毒方法：
①物理消毒法：即采用沉淀池过滤或沸石粉吸附，将养殖水体中的杂质和污染物去除，此方法不会对养殖环境造成二次污染，但其弱点是对于资源的浪费却是惊人的。
②化学药物处理法：此方法是延续了几十年的传统养殖处理方法，即采用生石灰、漂白粉、絮凝剂、含氯或含溴消毒剂以及一些染料等有机或无机化合物来改善水质，这种方法是治标不治本的方法，只能在短期内产生效应，但其在改良水环境的同时，会对水产养殖动物产生不良影响，有些甚至会对环境与食品安全产生重大影响。
③微生物调控法：即利用有益微生物在水体吸收氨氮、亚硝酸氮及硫化氢等，有效分解大分子有机物，同时抑制致病菌的大量繁殖，这是一种治本的环境处理方法，也是推行绿色养殖的最佳措施。
