1、指导协调新农村建设，研究提出新农村建设的政策与规划建议，抓好新农村建设示范工作，会同有关部门组织开展新农村建设考核工作。
2、拟定农业环境保护、无公害农产品开发、生态农业建设、农业生物资源保护政策法规、标准，经公布后监管实施；负责农田大气、农用水质、耕地土壤等的环境保护；监督管理农用化学物质、农业废弃物的污染防治。
3、组织开展农业环境执法管理；负责农业环境污染事故调查处理、废水排放、农田灌溉渠道审批，占用农业用地的建设项目农业环境保护管理和农业环境污染的综合整治。
4、组织开展生态农业建设、无公害农产品开发和农业废弃物的综合利用；负责无公害农产品管理和农业环保行业管理；负责农业环境和农产品污染监测、评价、信息发布、培训、项目开发及农业环保国际合作。
5、负责农业野生植物的监督管理，综合管理农业生物类自然保护区，负责组织协调本区域内外来入侵生物的防治，发布外来入侵生物相关信息，开展外来入侵生物防治的宣传、培训和对外合作交流。
6、负责农村环境卫生综合整治工作。
对农村的基建规划和建设标准负责，进行质量监督。
