主要有三方面不同，分别是：字意不同，代表不同，来源不同。
1、字意不同
皇
(1)指天
(2)指天神
(3)旧时对封建王朝的尊称
帝
（1)(象形。甲骨文字形，象花蒂的全形。上面象花的子房，中间象花萼(花瓣外面的绿片)。下面下垂的象雌雄花蕊。本义：花蒂)
(2)天帝，上帝。宗教或神话中称主宰万物的神。最高的天神。
2、代表不同
皇是开创者，帝是发扬光大的继承者，比如三皇五帝的关系，以中国传统的标准来看，皇的成就地位要高于帝。
帝，和德天者称帝，是道德水平达到最高的境界，又通缔，是缔造者，也就是说，帝是某一个领域达到最高水平的称谓。
3、起源不同
皇：
自公元前3000年至前21世纪，是中国文明初起的时代，三皇的说法不一，一般认为是伏羲、女娲、神农。还有一说是燧人氏、伏羲氏、神农氏。
传说伏羲氏(又称羲皇)，以通神明之德创八卦，教民结网，从事渔猎畜牧，致嫁娶，以丽皮为礼，造书契，以代结绳之政，又创造了五弦琴，即后来的七弦琴。而已考古发现中国最早的文字，就约在五千年前，因此，伏羲氏确实应该是中华文化最早的代表。
帝：
根据《史记·五帝本纪》的说法，“五帝”乃黄帝、颛顼、帝喾、唐尧、虞舜。
黄帝，姬姓，号轩辕氏、有熊氏，原居于西北，建都有熊（今河南新郑）。炎帝，姜姓，号烈山氏或厉山氏。时南方强悍的九黎族，在其首领蚩尤率领之下，和炎帝争夺黄河下游地区，炎帝失败，向黄帝求救，并结为联盟。
