以下几种消毒方法:
一、酒精消毒法
使用浓度为75%的酒精进行消毒，首先将酒精倒入育苗盘中，利用吸头灌注，保证每个微小的凹槽中都浸润有酒精。等待片刻后倒掉酒精，再用清水冲洗干净即可。这种方法适合没有污垢或者微生物菌斑比较少的育苗盘。
二、高温消毒法
将清洁好的育苗盘放入水中，加热至100℃左右持续蒸煮10分钟，可达到较好的消毒效果。需要注意的是，在进行高温消毒时，要保持育苗盘的原有形状不变，避免变形影响使用。此方法适用于全部污染程度的育苗盘消毒。
三、漂白粉消毒法
先将育苗盘洗净，再用浓度为0.5%~1%的漂白粉溶液进行消毒。对于严重有菌斑的育苗盘，可以使用更高浓度的漂白粉进行消毒。消毒时间约为30分钟，然后用清水彻底冲洗干净晾干即可。
四、紫外线消毒法
利用紫外线的杀菌作用进行消毒，需要使用专业的紫外线消毒灯具。将育苗盘摆放在消毒室内，开启紫外线灯具进行消毒。需要注意的是，人体及动物对紫外线敏感，使用时要小心加防护。
