耙耙柑在果实直径达到2.5到3厘米时进行第一次疏果，将果实数量控制在每株5到6个左右。第二次疏果时间是在果实直径达到4到5厘米时，将果实数量控制在每株3到4个左右。所以，耙耙柑的疏果时间主要是以果实直径为基准的。同时，需要注意的是果实才刚刚长到相应的直径，并不一定适合全部疏除，所以具体疏果时间要根据实际情况而定。
耙耙柑疏果的时间最好在第二次生理落果之后进行，将遭遇病虫害的、太小的、畸形的和生长过密的果子疏除。但是也不能过度疏果，这样会造成产量低下，影响经济效益。
一般在夏季果实刚成熟时疏果是比较合适的，也可以根据实际情况而定。疏果的目的是控制果实数量，增加剩余果实的品质和产量。疏果时需要注意不能同时疏掉太多果实，否则容易引起营养失衡、日照不足等问题。同时，对于果实疏掉的位置和数量也需进行慎重考虑，避免对树的生长和果实的品质产生不利影响。
耙耙柑、丑橘、爱媛这些中晚熟品种，建议第一次疏果应在六月中旬至七月上旬进行，这个时间疏果可以压制前期夏梢的大量抽发，避免养分浪费促进果实膨大。
中晚熟品种的第二次疏果的黄金时期在七月下旬至八月上旬，能起到有效减少果树负荷、提高果品质量的作用。
