防治豆秆黑潜蝇应以豌豆苗期作为防治重点，可采用1.8%齐螨素乳油（阿维菌素）2000倍液或50%辛硫磷乳油1000倍液或2.5%安杀宝乳油1000倍液或48%乐斯本乳油1000倍液灌根或喷雾防治。综合防治方法1、选用抗病品种。一般细荚豌豆比大荚豌豆抗病。
2、实行轮作。因豌豆根系分泌物对翌年植株根瘤活动及根系生长有影响，故其本身也忌连作。可同非豆科作物如瓜果类或禾本科粮食作物实行轮作。
3、种子消毒。温汤浸种或药剂拌种，温汤浸种即先将种子在冷水中预浸4-5h后，再移入50℃温水中浸5min，放入冷水中冷却、晾干、播种。也可用种子重量0.3%的70%甲基托布津拌种，或50%的多菌灵可湿性粉剂加75%百菌清可湿性粉剂（1:1）混合拌种，并密闭48-72h后播种。
4、加强田间管理。合理施肥、密植，避免在低湿地种植，采用高畦或起垄栽培。增施磷钾肥，避免偏施氮肥，可定期喷施芸薹素，提高抗病力。
5、搞好田间卫生。及时拔除病株和被虫为害的植株以及收获后的秸秆和根茬，并集中深埋或烧毁，减少病源和虫源。
可以采取物理防治和药物防治
物理防治：利用虫害趋光性，田间设置黑光灯诱杀虫子。
药物防治：用31%阿维格灭虫蝇胺按照1：500的比例兑水喷洒一遍三天后再用45%辛硫氮磷乳油按照1：1000的比例兑水喷洒一遍
