（一）苗床温度控制：西瓜嫁接苗由于苗子比较弱，抵抗力差，所以温度控制一定要严格，要求夜间温度最低不低于14度，日温最高不能超过32度，一般控制在30度以内比较合理。
而且注意苗床通风，降低湿度，保持苗床干燥。（二）苗期病害预防：本着预防为主，防治为辅的特点，建议瓜农做好苗期的病害预防工作：1、西瓜播种出苗后，嫁接前，打第一遍药，进行预防，用药可以选择抗生素类药物和杀真菌药物进行综合预防。可以采用以下方法进行预防：①“春雷霉素”+达克宁（百菌清）+美地那营养液；② 新植霉素+施乐时+美地那营养液。
2、西瓜嫁接完后4—5天，进行第二遍预防，防治用药同上。（三）发病后的防治：苗子嫁接后5—7天，如果嫁接苗发生病害，一般有真菌性病害和细菌性病害两种，细菌性病害发病症状为，子叶着生黑色斑点，如防治不当，斑点会迅速蔓延，最后嫁接苗茎干发病，导致植株死亡。可采用以下防治办法：
①金田菌冠+施乐时+美地那营养液；②可杀得3000（杜邦公司）+达克宁+美地那营养液；③有机铜制剂+达克宁+美地那营养液。注意：用药时须严格按照药品说明使用，防止药害。
