1、程序冷冻法:也称平衡冷冻法，是将胚胎放入冷冻液中，慢速降温至一个较低的温度，约在-35℃到-80℃的阶段，然后将它放入液氮中，是早期冷冻时主要采用的一种方法，但程序冷冻的降温过程较长，其中胚胎细胞内的水分易在此过程中形成冰晶，在解冻复温时也有形成冰晶的风险，冰晶会机械性损伤细胞膜和细胞器的膜结构，挤压细胞的骨架，对胚胎造成冷冻损伤，因此在程序冷冻过程中，细胞受到损伤的程度较大，复苏率约在70%;
2、玻璃化冷冻:近20年在程序冷冻的基础上又进一步突破，出现了新的冷冻方法，称为玻璃化冷冻，此方法主要是采用更高浓度及极其黏稠的冷冻保护剂处理胚胎，使胚胎在冷冻的过程中，从生理温度急速降温到-196℃，胚胎细胞内外液体瞬间冻结成玻璃化固体状态。
与程序冷冻法相比，玻璃化方法冷冻过程中，胚胎细胞内的液体不会形成冰晶，从而避免了冰晶对胚胎细胞的物理化学损伤，获得了较好的冷冻效果，玻璃化冷冻胚胎复苏率通常达到95%以上，若冷冻囊胚，效果则更好，复苏率可达到99%以上，显著的高于程序冷冻方法，优势也较明显，所以越来越多的中心逐步开始使用玻璃化冷冻方法，也成为现阶段胚胎冷冻的主要方法。
