国土资源部最新制定的《全国土地分类》和《关于养殖占地如何处理的请示》规定：养殖用地属于农业用地，其上建造养殖用房不属于改变土地用途的行为，占用基本农田以外的耕地从事养殖业不再按照建设用地或者临时用地进行审批。应当充分尊重土地承包人的生产经营自主权，只要不破坏耕地的耕作层，不破坏耕种植条件，土地承包人可以自主决定将耕地用于养殖业。国土资源部、农业部联合下发的《关于促进规模化畜禽养殖有关用地政策的通知》，要求各地在土地整理和 新农村建设 中，可以充分考虑规模化畜禽养殖的需要，预留用地空间，提供用地条件。任何地方政府都不得以新农村建设或整治环境为由禁止或限制规模化畜禽养殖：“本农村 集体经济组织 、农民和畜牧业合作经济组织按照乡(镇)土地利用总体规划，兴办规模化畜禽养殖所需用地按农用地管理，作为农业生产结构调整用地，不需办理农用地转用审批手续。其他企业和个人兴办或与农村集体经济组织、农民和畜牧业合作经济组织联合兴办规模化畜禽养殖所需用地，实行分类管理。”畜禽舍等生产设施及绿化隔离带用地，按照农用地管理，不需办理农用地转用审批手续；管理和生活用房、疫病防控设施、饲料储藏用房、硬化道路等附属设施，属于永久性建(构)筑物，其用地比照农村 集体建设用地 管理，需依法办理农用地转用审批手续。

农业养殖用地办证申请流程如下：

1、计划养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。

2、乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘，畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求，符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。

3、经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，而后经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。

各地的流程可能会稍有不同，建议先去当地政府部门了解相关政策。